תוֹכֶן
כיום, מי שצריך לשלוח חבילות, או אפילו מי שרק צריך להסתובב, מבין במהרה שלא הגיוני להשתמש רק באמצעי תחבורה אחד. לדוגמא, מטען יכול לעבור מספינה למשאית, שמעבירה אותה לחצר דרכים, ממנה ניתן לשלוח אותה ברכבת ליעדה הסופי. תחבורה בין-מודאלית יכולה להיות יעילה וזולה יותר במקרים מסוימים. עם זאת, יש לו את החסרונות שלו מבחינת מהירות ואמינות.
מְהִירוּת
לתחבורה בין-מודאלית היתרון בכך שהוא יחסית זול יותר בהשוואה לשיטות אחרות. זה, לעומת זאת, איטי יותר. בכל פעם שמעבירים מטען לאמצעי תחבורה איטי יותר, זמן האספקה נפגע. דוגמה לכך היא הרכבות שעל ידי נסיעה בדרך קבועה יכולות לעלות בדרך לא ישירה כמו זו שעוברות משאיות. כדי למקסם את יעילות הפעולות, התחבורה הבין-מודאלית חייבת להפחית את משך הזמן שהמטענים ממתינים לפריקה או החלפה.
חוסר אמינות
בגלל התלות שלה ביותר מסוג תנועה אחד, התחבורה הבין-מודאלית פחות אמינה. עם העלייה במספר האופנים המשמשים, הסיכוי שמשהו ישתבש באחת מהן עולה. זה בעייתי במיוחד כאשר אחד המצבים הוא המסילה. הרכבות חשופות יותר לעיכובים בגלל מזג אוויר גרוע וכשלים בציוד. מסיבה זו וגם בגלל הדאגה למהירות, עדיף כי מטענים שתלויים במסירה מהירה ואמינה לא ישתמשו בהובלה בין-מודאלית.
נֵזֶק
בכל פעם שיש להעביר מטען מאמצעי תחבורה אחד לאחר, קיים סיכון לנזק. למרבה המזל, ניתן להקל על נזקים אלה, אך בדרך כלל מדובר בהוצאה גדולה יותר של חומרי מגן מהכמות המשמשת בדרך כלל. משקל זה ועלות הגנה נוספת עולים על יתרונות התחבורה הבין-מודאלית מבחינת יעילות אנרגיה ועלות.
עלויות תשתית גבוהות
התחבורה הבין-מודרנית סובלת גם מעלויות תשתית גבוהות יחסית. הופעת השימוש במכולות הורידה עלויות וקשיים באחסון, כך שמובילים יכולים בקלות להעביר מכולה מספינה למשאית. עם זאת, העברת מטענים אלה היא דבר הדורש מנשאים להשתמש במנופים ובציוד כבד שאולי לא קיים במקומות מסוימים, במיוחד במדינות לא מפותחות.