תוֹכֶן
פרוטוזואה וחיידקים שייכים לתחומים שונים של חיים, אוקריוטים ופרוקריוטים, המופרדים על ידי עידנים ארוכים של אבולוציה. עם זאת, כמו כל צורות החיים על כדור הארץ, יש להם אב קדמון משותף, ולכן יש דמיון מסקרן. למרות המגוון המדהים של פרוטוזואה וחיידקים, אפשר לעשות כמה הכללות על מה שיש להם במשותף.
קוד גנטי
ב protists, חיידקים וכל אורגניזמים אחרים, כמה בסיס כימי בסיס DNA רצפים לקודד חומצות אמינו מסוימות. קוד זה הוא אוניברסלי כמעט במובן זה רצף ה- DNA אותו יהיה לקודד את רצף חומצות אמינו אותו הן protozoan ו חיידק. יוצאים מן הכלל כוללים את העובדה כי כמה חיידקים להשתמש רצף UAG לקודד pyrrolisin במקום להיות קודון להפסיק, וזה מה שקורה אורגניזמים אחרים. למרות זאת, הקוד הוא בעיקר דמיון בולט בין חיידקים פרוטוזואה.
ריבוזומים
גם חיידקים וגם פרוטוזואה הראשון לתמלל את ה- DNA שלהם ל- RNA, ולאחר מכן לתרגם את ה- RNA לחלבון באמצעות מבנים מורכבים הנקראים הריבוזומים. שוב, הם חולקים את הדמיון הזה לכל צורות החיים האחרות. מבנה הריבוזומים משתנה מעט בין חיידקים לאוקריוטים כמו פרוטוזואה. הבדל זה חשוב גם הוא, שכן כמה אנטיביוטיקה הורגת חיידקים על ידי שימוש בהבדלים בין הריבוזומים של eukaryotes לבין חיידקים.
ממברנות סלולריות
הן חיידקים פרוטוזואה יש קרום התא עשוי ממולקולות שנקרא phospholipids. לפוספוליפיד בחיידק או בפרוטוזואן יש קבוצה מסיסה במים בקצה אחד וזנב בלתי מסיס על השני, ולכן קרום התא נוצר על ידי שכבה כפולה של רכיבים אלה. הזנב פונה למרכז השכבה הכפולה. בקטריות יש קיר התא, בנוסף קרום התא שלהם, עם זאת, כמה חיידקים יש קרום פנימי וחיצוני.
תהליכים שמורים מאוד
חיידקים ופרוטוזואה מציגים דמיון מפתיע בתהליכים ביוכימיים רבים, שגם הם דומים מאוד לכל צורות החיים האחרות. התהליך שבו חיידקים ופרוטוזואה משתמשים לשבירה של גלוקוז נקרא גליקוליזה. למרות שיש לו כמה וריאציות, גליקוליזה מתרחשת כמעט כל אורגניזמים ידועים. כמו כן, תהליך שכפול הדנ"א דומה מאוד בין חיידקים ופרוטוזה עם כמה הבדלים קטנים.