תוֹכֶן
חלבונים נוצרים מרשתות חומצה פולימר או אמינו. רצף חומצות האמינו (יחד עם כל השינויים) קובע איזה מבנה חלבון הוא יאמץ. לחלבונים יש ארבע רמות מבנה: ראשוני, משני, שלישוני ורביעוני. המבנה הראשוני הוא רק רצף חומצות האמינו, ואילו המבנה המשני מתייחס למבנה תלת-ממדי שאומץ על ידי מקטעי שרשרת חומצות האמינו.
סליל אלפא
סליל אלפא הוא סוג נפוץ מאוד של מבנה משני שבו שרשרת של חומצות אמינו מתפתל כדי ליצור סליל עדין. לחנקן של הקשר הזעיר בכל חומצת אמינו יש מימן מלוכדות אליו, כך שהוא יכול ליצור סוג של אינטראקציה הנקראת קשר מימן עם אטום החמצן של קבוצת הקרבוניל של כל קשר. קשרי מימן להחזיק את המדחף יחד ולעזור לו לשמור על צורתו.
שרשרות צדדיות
כל שרשראות חומצות האמינו של נקודת סליל אלפא כלפי חוץ, מה שהופך לולאה מלאה כל 3.6 חומצות אמינו. המדחף מעוות בכיוון השעון, ולכן הוא מתואר לעתים כ"זכות ". חלבון עשוי לכלול כמה אלפא, וחלק מהחלבונים כגון קרטין (החלבון המצוי בשיער ובציפורניים) הם בעלי מבנה מסוג זה לאורך רוב אורך חייהם.
גיליונות ביטא
גיליון בטא מוחזק גם יחד על ידי קשרים מימן, אבל במקרה זה שני אזורים של פוליפפטיד ממוקמים זה לצד זה, ואת קשרי המימן להחזיק אותם יחד במעין גיליון נייר מקופל. החוטים הזוגיים עשויים להסתובב בכיוונים מנוגדים, ובמקרה זה הם מקבילים, או שהם עשויים להיות מקבילים, כאשר שני הגדילים חולקים את אותו כיוון. הסידור האנטי-מקביל נפוץ יותר. חומצות האמינו חומצות הצד לחלופין הצבע למעלה ולמטה, בניצב אל המטוס של הסדין.
שיקולים
פוליפפטידים עשויים לכלול כמה גיליונות בטא ואת החלקים סליל אלפא כמו חלקים של המבנה הכולל שלהם 3-D או מבנה שלישוני. פוליפפטיד יחיד עשוי להיות חלבון לבדו, או כמה עשוי להכפיף ליצירת חלבון. אם פוליפפטידים מרובים מעורבים, הסדר המרחבי שלהם נקרא מבנה quaternary. המבנה המשני מתייחס במפורש למאפיינים של סליל האלפא וגיליון הבטא. כמו מבנים שלישוני ו quaternary, המבנה המשני עלול להפוך disordered או מפוגל באמצעות יישום של טמפרטורות גבוהות ו / או שינויים משמעותיים ב- pH.