תוֹכֶן
פוטוסינתזה בצמחים מתרחשת באברונים המכונים כלורופלסטים, על פי אוניברסיטת אילינוי. בעבר כלורופלסטים חיו כחיידקים חופשיים, עד שפלשו לתאים שאינם פוטוסינתטיים ולבסוף שולבו בצמחים.
פיגמנטים
לספיגת אור השמש, בצמחים יש פיגמנטים המכונים כלורופיל A, כלורופיל B וקרוטנואידים. לעומת זאת, ציאנובקטריה מכילה כלורופיל B ומתחמי חלבון מיוחדים, המכונים פיקוביליזומים, לביצוע ספיגה זו. חיידקים פוטוסינתטיים אחרים תלויים בקרוטנואידים ובכלורופיל חיידקי, הדומה לזה של צמחים.
חומר גולמי
צמחים משתמשים במים ובפחמן דו חמצני לביצוע פוטוסינתזה. למעט ציאנובקטריה, חיידקים פוטוסינתטיים אינם יכולים לעבד מים. במקום זאת הם משתמשים במולקולות אורגניות ואורגניות שהם מוצאים בסביבה, כמו מימן גופרתי ותרכובות גופרית אחרות.
ייצור חמצן
צמחים מייצרים חמצן כתוצר לוואי של פוטוסינתזה. למעט ציאנובקטריה, שעל פי החשד הם האורגניזמים הראשונים שמייצרים חמצן, אין לחיידקים פוטוסינתטיים תוצר לוואי זה. למעשה, רוב החיידקים הללו שורדים רק בסביבות עם רמות גז נמוכות.