תוֹכֶן
ליז היא מילה ביוונית ופירושה פשוט "לחלק" או "להתפרק". זהו תיאור טוב של התגובה המתרחשת עם תאים במאגר תמוגה, פתרון המפרק אותם כדי לחלץ את תוכנם. מדענים משתמשים בתמיסות אלה להפקת DNA או חלבונים בניתוח תאים, במיוחד במקרה של חיידקים. סוג מאגר תמוגה התא משתנה בהתאם לסוג הניסוי, אולם נזכיר כמה אפשרויות נפוצות.
חיץ ומלח
תמיסות החיץ מייצבות את ה- pH, ואילו התאים עוברים את תהליך הפירוק. תמיסת ה- tris-HCL היא המאגר השכיח ביותר למאגר ב- pH 8, אם ה- pH רצוי. HEPES הוא פתרון חיץ נפוץ נוסף בניסויים אלה. ניתן להוסיף נתרן כלורי גם להגברת חוזק היונים, הריכוז הכולל של המומסים מחוץ לתאים. זה האחרון חשוב מכיוון שמים יכולים להתפשט לכל קרומי התאים, מאזורים עם ריכוז מומס נמוך לאלה עם ריכוז גבוה.
חומר ניקוי
חומר ניקוי הוא המרכיב העיקרי הממיס את קרום התא כך שהתוכן יוכל להימלט. חומרי ניקוי הם מולקולות אמפיפתיות, כלומר בקצה אחד שמתקשר בקלות עם מולקולות מים ואילו הקצה ההידרופובי השני, או "שמפחד ממים", אינו עושה את האינטראקציה הזו. הם יכולים להמיס שומנים על ידי יצירת מיסלים, קבוצות קטנות, בהם הזנבות ההידרופוביים של מולקולות הניקוי מכוונות פנימה למולקולות השומן. חומרי ניקוי נפוצים הם נתרן דודסיל סולפט או SDS, NP-40 וטריטונקס.
חומרים וכילציה ומעכבים
מאגרי ליסה מכילים בדרך כלל גם חומרי צ'לציה כמו אתילן דיאמינטראצ'יק (EDTA) או חומצה רטילנית גליקול טטראצטית (EGTA). כימיקלים אלה נקשרים ליוני מתכת עם מטען +2 (למשל מגנזיום וסידן), וכך הם אינם זמינים לתגובות אחרות. דנ"א רבים (חלבונים הלעוסים דנ"א) ופרוטאזות (חלבונים החותכים חלבונים אחרים) זקוקים ליוני מגנזיום כדי לעבוד, על ידי כך שהם מונעים מהם את המרכיב העיקרי הזה, EDTA ו- EGTA, הם מסייעים בהפחתת רמת הפרוטאז או של פעילות DNAse. עם זאת, הם אינם שוללים אותם לחלוטין, וחלק מהפרוטאזות אינן תלויות בקופקטורים של מגנזיום, ולכן מאגרי פירוק מכילים לעיתים גם חומרים הנקראים מעכבי פרוטאז, הנקשרים אליו ומונעים את פעולתו התקינה.
ליז אלקליין
תמוגה אלקליין היא טכניקה נפוצה מאוד לטיהור פלסמידים מחיידקים. שיטה זו מרמזת על שימוש בשלושה פתרונות. הראשון מכיל גלוקוז, חיץ טריס-HCL, EDTA ו- RNAses. גלוקוז יוצר ריכוז גבוה של חיידקים מומסים חיצוניים, כך שהם נעשים קלושים מעט, מה שמקל על תהליך ההתמוססות. EDTA ו- tris-HCL פועלים כמתואר לעיל, בעוד ש- RNAse ילעוס כל RNA בתוך התא בכדי להוציא אותו מהדרך. הפיתרון השני עושה למעשה תמוגה בתאים. הוא מכיל את חומר הניקוי SDS ו- NaOH, המעלה את ה- pH ל -12 ומעלה, דנטורציה של החלבונים בתוך התא וגורם להפרדת ה- DNA לחוטים פשוטים. התמיסה השלישית מכילה אשלגן אצטט כדי להחזיר את ה- pH לרמה ניטרלית יותר, כך שגדילי ה- DNA של הפלסמיד יוכלו להתאחד. בינתיים, החלבונים המפונים מתחברים ומשקעים, ואילו יוני הדודציל סולפט מצטרפים ליוני האשלגן ליצירת תרכובת בלתי מסיסת, שיכולה גם לזרז מתמיסה.