תוֹכֶן
בחיידקים, זנים מסוימים מסווגים כארובי, הדורש חמצן לנשום, ואחרים כ אנאירובי, מה שאומר שהם יכולים לחיות בהיעדר חמצן או אפילו למות בנוכחותם. ניתן לסווג מיקרואורגניזמים אלה גם באמצעות טכניקת צביעת גרם, שיטת מעבדה המיועדת לאיתור פפטידוגליקן, שנוכחותו או היעדרותם קובעת אם לחיידק יש דופן תא.
גרם חיובי
חיידקים חיובי גרם שומרים על צבע הגבישי הסגול וכתמים כחול כהה או סגול בתהליך צביעת גרם. אחד המאפיינים העיקריים המסווגים מיני חיידקים כחיובי גרם הוא היעדר קרום חיצוני. יש להם שכבת פפטידוגליקן רב-ממדית דקה, כאילו מדובר ברשת של סוכרים וחומצות אמינו, המהווים חלק מדופן התא. אין להם גם מרחב פריפלזמי, שהוא הפער בין הממברנות הפנימיות והחיצוניות. בנוסף, חיידקים אלה מסווגים על פי עמידותם הגבוהה בפני קרע פיזי, אזיד נתרן וייבוש.
גרם שלילי
חיידקים מסווגים כגרמים שליליים אם יש להם קרום חיצוני ושכבה דקה אחת של פפטידוגליקן. במהלך צביעת גרם הם מגיבים על ידי שינוי צבע לקבלת ספרנין, והם צבועים באדום. לחיידקים אלו עמידות נמוכה בפני קרע פיזי, נתרן אזיד וייבוש.
סיווג אירובי
חיידקים אירוביים דורשים חמצן כדי לשרוד. הם קיימים הן בזנים החיוביים והן בשלילי הגרם.כמה סוגים של צמחי bacillus חיובי גרם מסווגים כאירובי - הם כוללים Bacillus cereus, Bacillus stearothermophilus ו- Bacillus subtilis. הסוג Corynebacterium כולל Corynebacterium diphtheriae, הגורם לדיפטריה. סוגים אחרים חיוביים של גרם הם קורתיה, מיקרוקוקוס ומיקובקטריום. אירובי שלילי של גרם גרם כולל בני הסוג Aquaspirillum השייכים למשפחת הספירלצאים, הנמצאים במים מתוקים.
סיווג אנאירובים
חיידקים אנאירוביים הם אלו המסוגלים לשרוד בהיעדר חמצן. אנאירובים אופציונליים יכולים לצמוח בנוכחות חמצן, אך אינם דורשים זאת, ואילו אנאירובים חובה מתים בנוכחות גז ובכך תלויים באחרים, כגון מתאן. דוגמאות של אנאירובים חיוביים בגרם כוללים Clostridium histolyticum, C. acetobutylicum ו- C. sporogenes. הסוגים העיקריים של צמחים אנאירוביים שליליים הם Bacteroides, Fusobacterium, Prevotella ו- Poryphyromonas.