תוֹכֶן
צבעים עוזרים בזיהוי ובידול של רכיבי תאים ורקמות. רכיבים אלה נוטים להיות שקופים וצבעים נותנים לצופים אמצעי לראות את מה שאינו נראה לעין האנושית. לרוב משתמשים בצבעים במחקרי מיקרוביולוגיה, היסטולוגיה וציטולוגיה. להלן כמה מהצבעים המשומשים ביותר.
ביסמרק בראון
חום ביסמרק פחות משמש כיום מאשר בעבר. צבע זה מסמן ריריות (סוג של חלבון הקיים בריר וברוק) המוחמצות וצהובות.
ארגמן
הכרמין הוא צבע המשמש לצביעת גליקוגן (עמילן של בעלי חיים), גליקוזאמינוגליקנים (שרשראות סוכר המצויים בריר ובנוזל מפרקים) וגרעיני תאים. הוא צובע את החלקים באדום ועשוי מהחרקים Coccus cacti. זה ידוע יותר בשם מליאבי. חרק זה במקור ממקסיקו ודרום מערב ארצות הברית וניזון מקקטוסים. הצבע מיוצר מנוזלי הגוף של החרק.
קריסטל סגול
הקריסטל הסגול מכתים קירות תאים סגולים בשילוב עם מורדנט, שהוא תערובת של חומרים המגיבים עם הצבע ליצירת מוצק בלתי מסיס וצבעוני. ניתן להשתמש בו בסיווג חיידקים והוא הצבע המשמש בטכניקת צביעת גרם. בתוכה נשמרים התאים תחילה בתהליך הכנה ואז מוכתמים בגביש סגול. הצבע נספג בכמויות דומות על ידי כל החיידקים. לאחר מריחתו מורחים מורדנט ומכבסים את השקופיות בתמיסת אלכוהול של 95% ואז מוכתמים בצבע בהיר אחר בצבע אחר (בדרך כלל ספרנין). טכניקה זו היא השיטה העיקרית בה משתמשים בחקר חיידקים במעבדה.
אאוזין
אאוזין הוא צבע סינטטי על בסיס אלכוהול. הוא מכתים תאי דם, חומר ציטופלזמי (חומר שנמצא בין קרום התא לגרעין), קרומי תאים ומבנים מחוץ לתא הוורוד או האדום. הוא משמש כאחד הצבעים של טכניקת הצביעת המטוקסילין ואאוזין. טכניקה זו היא השימוש הנפוץ ביותר בחקר רקמות ותאים, בכדי לבחון את צורתו ומבנהו.
המטוקסילין
המטוקסילין הוא הצבע המלווה את האאוזין בטכניקת H&E. הוא מכתים גרעיני תאים כחולים-סגולים או חומים. זהו צבע טבעי המיוצר באמצעות העץ בשם campeche (Haematoxylum campechianum).
ספרנינה
ספרנין משמש כאחד הצבעים בטכניקת צביעת גרם ומכתים גרעיני תאים באדום. הוא משמש גם לצביעת סחוס. הוא הופך לצהוב כשצובעים אותו בספרנין.