תוֹכֶן
פירוק הוא תהליך של שבירת חומר אורגני מת לתוך יחידות פשוטות, אשר נצרכים בסופו של דבר על ידי סוגים שונים של חיידקים ופטריות. פונקציה זו היא בסיסית לניהול אורגניזמים מתים. מושבות של חיידקים להתחיל את תהליך הפירוק מיד לאחר מותו של יצור חי, אם ירקות, בעלי חיים או אדם. חיידקים שימושיים גם השפלה של שמנים נשפך בים או אגמים.
פירוק של בני אדם ובעלי חיים
הפירוק מתחיל ממש ברגע המוות. התהליך מתחיל עם אוטוליזה, התמוטטות של חומר הגוף על ידי חומרים משלה, כגון אנזימים וחיידקים, אשר בדרך כלל מתגוררים בדרכי העיכול. בני אדם ובעלי חיים אינם מתפרקים רק על ידי חיידקים ופטריות. גורמים חיצוניים אחרים משפיעים גם על הפירוק של הגוף, כגון טמפרטורה, חרקים ותולעי אדמה. בשר זבובים זבובים קליפורניה להטיל את הביצים שלהם בתוך הגוף של חיה מתפוררת. הביצים הופכות לזחלים, אשר גם להשתתף בתהליך של שבירת חומר אורגני. חיידקים ספרופאגיים (מפרקים) יכולים להיות אירוביים (לנשום בנוכחות חמצן) או אנאירובית (לחיות בהעדר חמצן) כדי להתחיל פירוק.
Decumpositories של צמחים
הקרקע מציעה מגוון רחב של מושבות חיידקים אשר מחפשים חומר צמחי מת, כגון צמחים, כדי להתפרק. יש תערובת של חיידקים, פטריות וחיידקים אחרים כי לשבור ולשבור חומר אורגני מת. למעשה, ישנם סוגים רבים מדי כדי למנות, אבל כמה חיידקים ידועים מזוהה בפירוק של חומר אורגני, כגון Streptomyces, Penicillum, Bacillus ו Aspergillus. כל המינים האלה הם חלק מהותי בפירוק של עלים ושרידי צמחים אחרים. הם הסיבה מדוע עלים מתים מזכירים לעתים קרובות כמו "שלדים" של עלים.
מזון Decompositories
מזון שנשכח במקרר עובר תהליך הפירוק, כמו גם עלים באדמה. למרות המקרר מאט את התהליך, המזון עדיין עובר השפלה פירוק. חיידקים כמו פניציליום, Bacillus thuringiensis ו Bacillus אחרים לשחק תפקיד חשוב בפירוק של מזון, כמו גם פטריות. במשותף, שני אורגניזמים אלה נקראים saprophytes. החיידקים פולשים למזון כמו פירות מפצע עור. מהכניסה הזאת, חיידקים אחרים להתיישב, נשאר עד האוכל מפורקת לחלוטין. פעילות פטרייתית מתבטאת בהימצאות בסיר או באוכל שנשכח. זה גם ניכר כאשר האוכל הופך מעופש ואת תהליך הפירוק עושה את זה לא מתאים לצריכה.
פירוק שמנים
כמה מושבות חיידקים היו מועילים בהנחיית ניקוי והשפלה של שמנים שייעצרו באוקיינוסים. Pseudomonas, חיידקים מהונדסים גנטית, הפכו המכונה "אוכל שמן". הראשון המשמש לסיוע ניקיון שמן נשפך ב אקסון ואלדז בשנת 1989, הם מאז שימשו מספר פעמים מאז. חיידקים אחרים התורמים פירוק של שמנים הם Borkuensis Alcanivoraz, מין ימיים התלויים בשמנים כדי לשרוד. הם כמעט בלתי ניתנים לגילוי במים בלתי מזוהמים, אבל כאשר נשפך שמן להתרחש, חיידקים מתחילים להפגין באגרסיביות לשבור את החומר.