תוֹכֶן
כל צורות החיים המוכרות לאנושות שייכות ל"ממלכה ". אך לא תמיד קל לדעת מדוע צורת החיים שייכת לממלכה אחת ולא למדינה אחרת. ממלכות פרוטיסטה ומונרה מכילות צורות חיים חד תאיות, אך הן נבדלות זו מזו.
הליבה
ההבדל הגדול ביותר בין ממלכות מונרה לפרוטיסטה הוא בגרעין, שהוא "מרכז הפיקוד" של התא. לממלכת מונרה אין גרעין אמיתי, בעוד שלפרוטיסטים יש גרעינים המחוברים לקרום הגרעין שלהם. מדענים מסווגים אורגניזמים עם גרעין אמיתי כאוקריוטים ואורגניזמים ללא גרעין אמיתי כפרוקריוטים.
מוּרכָּבוּת
בנוסף להכללת גרעין אמיתי, יש לפרוטיסטים קומפלקס מאורגן יותר מאלה של ממלכת מונרה. לפרוטיסטים יש אברונים בעלי פונקציות שונות בתא ויכולים להציג שיטות תנועה גלויות. לממלכת מונרה אין משאבים מסוג זה.
גודל
גודלם של המינים השונים בתוך כל ממלכה משתנה, אך המשתתפים בדרך כלל גדולים מאלה שבממלכת מונרה. לעתים קרובות נראים פרוטיסטים רק עם זכוכית מגדלת. ממלכת מונרה היא בדרך כלל קטנה מזו. עם זאת, ציאנובקטריה, השייכת לממלכת מונרה, גדולה יותר.